İSAR İhtisas Merkezi, İSAR’da verilen dört yıllık temel eğitim programını tamamlayan öğrencilerin ilmi gelişimlerini desteklemek amacıyla oluşturulmuş bir birimdir. Bu birim, İSAR’ın hedeflerine uygun ilim adamlarının yetişmesini sağlamaya yönelik faaliyetler düzenlemektedir. İhtisas kademesine geçen öğrencilerin ilgi alanlarına göre belirlenen ihtisas kademesi dersleri İSAR talebelerinin disiplinler arası uzmanlaşmalarını sağlamayı amaçlamaktadır. Bu sebeple ihtisas kademesinde bir şer‘î ilim ile onu besleyen veya ona paralel olan başka bir ilim, daha çok araştırma ve üretme odaklı bir şekilde okutulmaktadır. Bunun bir sonucu olarak İSAR ihtisas kademesindeki eğitimini tamamlayan bir öğrenci, birbirini besleyen iki alanda ilmi çalışmalar yapabilecek bir yetkinliğe sahip olarak eğitimini tamamlamaktadır. Bu çerçevede öğrencilere İlim-Beyan-Takva merkezli üç yıllık bir program sunulmaktadır.
Bu programın İlim kısmını, daha önce başlayan ancak bu yıl sistemli bir şekilde planlanan dersler ve atölyeler teşkil etmektedir. Daha önceki yıllarda mezun olan öğrencilere uygulanan programlardan elde edilen tecrübeden hareketle hazırlanan üç yıllık programda verilen derslerle, bir yandan İSAR ihtisas öğrencilerinin çeşitli alanlarda uzmanlaşmaları sağlanırken bir yandan da temel ilimlerde daha derin okumalar yapmaları amaçlanmaktadır. İhtisas öğrencilerinin önemli bir kısmı lisansüstü öğrenciler olduğundan, katılmak zorunda oldukları atölyeler, kendi uzmanlık alanlarında diğer öğrenciler ile kaynaşmalarını sağladığı gibi onları kendi alanlarına farklı bir perspektiften bakmaya yöneltmektedir.
İSAR’ın Beyan hedefine uygun olarak, ihtisas merkezinde sözlü ve yazılı beyan olmak üzere iki alanda faaliyet sürdürülmektedir. Yazılı beyan çerçevesinde öğrencilerin İSAR’da edindikleri bilgi birikimini kullanarak tezlerini yazmaları ve başarılı bir şekilde savunmaları ile ilgili gerekli destek sunulmaktadır. Bu çerçevede tez yazım aşamasında olan öğrencilerin konu seçimlerinden başlamak üzere tezin araştırma ve yazım süreçlerinin tamamı takip edilmektedir. Yine yazılı beyan ile ilgili olarak öğrencilerin yaptıkları araştırmaları çeşitli ilmi dergilerde yayımlamaları için Akademik Yazım Merkezi’yle koordineli bir şekilde gerekli destekler sunulmaktadır. Sözlü beyan çerçevesinde ise öğrencilerin hazırlamış oldukları tezleri kurum içi ve dışında sunmaları sağlanmaktadır. Ayrıca yapmış oldukları değişik araştırmaları ulusal ve uluslar arası konferans, sempozyum ve çalıştaylara katılarak kamuoyu ile paylaşmaları yönünde teşvik edilmektedirler. Bunlara ilave olarak, ihtisas derslerinde öğrencilerin her dönem yazılı metinler kaleme almaları planlanarak elde ettikleri bilgi birikimini yazıya dökmek suretiyle beyan etmeleri sağlanacaktır.